蛋白質是駱駝乳的重要營養物質，駱駝乳蛋白質的消化吸收率一般為97%-98%，屬完全蛋白。駱駝乳中含有人體必需的8中氨基酸，比例適當，且氨基酸的含量較高。
 
　　駱駝乳中不含或含少量β-乳球蛋白，這種蛋白質不易被人體消化，是部分人群的過敏源，因此飲用駱駝乳不會發生過敏現象。另外，駱駝乳中富含保護性蛋白，這可以用來解釋為什么駱駝乳在炎熱的其后和沒有低溫貯藏的條件下，可以保存7天不變酸，也可以在一些國家將駱駝乳用來治療胃潰瘍和腹瀉及輔助治療肝病等傳染性疾病提供理論依據。

 
       聯合國糧農組織（FAO）和世界衛生組織（WHO）曾經提出理想蛋白質中必須氨基酸含量以及對1歲兒童的推薦量（1991年）。與之相比，駱駝乳蛋白質中的必須氨基酸含量高于FAO/WHO的推薦量，由此可認為，駱駝乳是營養價值比較高的食品之一，飲用駱駝乳能滿足人類的營養需要。
 
       駱駝奶中含有不存在于牛乳中的兩種蛋白質，這兩種蛋白質是特異性重鏈抗體（ＶＨＨ），這也是駱駝獨特的生理特征。